从此仕途顺畅，不过后来刘仁轨调任陈仓县尉时，把当地骄纵不法的折冲都尉给杖杀了，这件事情惹的李世民极为不满，甚至要杀他，说一个小小九品县尉也敢杀我四品折冲都尉。
这件事后来还是秦琅在皇帝面前替他求情，说他刚毅正直，是维护朝廷法纪，之后秦琅南巡的时候，还特意把刘仁轨调到自己幕府任职。
再后来刘仁轨在朝鲜半岛呆了十几年，州刺史、都督长史、都督，甚至是经略使，积累了不少军功。
“刘公刚毅正直，敢谏直言，更兼文武双全，在两府宰执十几年了。”
李思文道，“刘仆射毕竟九十四岁高龄了，两府里也算少有的。”
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